1902년에 세워진 미코노스 고고학 박물관은 선사 시대부터 후기 헬레니즘 시대까지의 동상, 도자기, 화병 등을 전시하고 있다. 대표 유물로 스핑크스의 몸체에 말이 얼굴 형상을 하고 있는 선형 훈장과 헤라클레스의 동상, 부조로 제작 된 조각품 등이 있다. 뿐만 아니라 작고 정교하게 제작된 장신구들은 빼놓지 말고 보아야하는 주요작품으로 꼽힌다.